Bio je porekla plemićkog i blizak srodnik Teofila, patrijarha aleksandrijskog, posle čije smrti bi posvećen za patrijarha.
Vodio tri ljute borbe za svoga života: s jereticima Novacijanima, s jeretikom Nestorijem i sa Jevrejima u Aleksandriji. Novacijani su postali u Rimu i tako prozvani po Novacijanu prezviteru, jeresonačalniku.
Oni su se gordili svojom vrlinom, hodili su obučeni u belo odelo, zabranjivali su drugi brak i držali su da se ne treba moliti za one koji učine smrtni greh, niti primati natrag u crkvu one koji jedanput otpadnu od crkve, pa ma se oni gorko kajali.
Kiril njih pobedi i istera iz Aleksandrije zajedno sa njihovim episkopom.
S Jevrejima bila je borba mnogo teža i krvavija. Jevreji su se bili osilili u Aleksandriji još od početka, kako je Aleksandar Veliki zasnovao taj grad.
Njihova mržnja prema hrišćanima bila je besna i smušena. Oni su ubijali hrišćane mučki, trovali, na krst raspinjali.
Posle duge i teške borbe Kirilo je uspeo kod cara Teodosija Mlađeg, da se Jevreji proteraju iz Aleksandrije. Njegovu borbu pak protiv Nestorija, patrijarha carigradskog, rešio je Treći vaseljenski sabor u Efesu.
Tom Saboru predsedavao je sam Kirilo, zastupajući u isto vreme i papu rimskog Celestina, po molbi ovoga, koji zbog starosti nije mogao doći na Sabor.
Nestorije bude osuđen, anatemisan, i od cara prognan na istočnu granicu carstva, gde je i umro smrću užasnom (jer mu crvi razjedu jezik, kojim je hulio Presvetu Bogorodicu nazivajući je Hristorodicom). Posle svršene borbe Kirilo je u miru proživeo i revnosno pasao stado Hristovo. Predstavio se Gospodu 444. godine. Za njega se kaže da je sastavio "Bogorodice Djevo radujsja!"
Bogorodice Djevo, raduj se Blagodatna Marijo, Gospod je s Tobom: blagoslovena si Ti među ženama, i blagosloven je Plod utrobe Tvoje, jer si rodila Spasitelja duša naših.