Manastirska crkva posvećena Svetom Iliji, u narodu poznata kao Ilinka, podignuta je na temeljima srednjovekovnog manastira, o čijoj prošlosti se zna vrlo malo, zato što su pisani tragovi uništeni u vreme kada je BiH bila okupirana od Turaka.
Na osnovu dostupnih izvora, smatra se da je manastir podignut u poslednjim decenijama 13. veka. U srednjem veku manastir je služio kao crkva za potrebe plemstva i vojske iz grada Grebena, koji se nalazio više manastira, na steni koja se nadvila nad kanjon Vrbasa.
Iz istorije manastira poznato je da su se u 14. i 15. veku o monaškoj zajednici brinule vlastelinske porodice Hrvatinić i Vojsalić, koje su u to vreme bile feudalni gospodari ovih krajeva.
Nakon što su 1528. godine okupirali Jajačku banovinu varvari iz Turske su porušili manastir u dolini Vrbasa, pa su u sledeća tri i po veka vernici službu obavljali u crkvi brvnari.
U izveštaju anonimnog austrijskog špijuna, koji je od 1718. do 1739. putovao po BiH zapisano je da se „uz istoimeni potok i selo Krupu nalazi veliki zapusteli pravoslavni manastir“.
Kada su na mestu okupatora BiH Turke zamenili Austrougari, na inicijativu mitropolita sarajevskog Save Kosanovića, počeli su radovi na obnovi manastira u kanjonu Vrbasa. Radovi su završeni 1889. godine, kada je podignut zvonik.
Samo tri decenije kasnije, 1914. godine, na početku Prvog svetskog rata, austrougarske vlasti su manastir spalile a njegove zidine porušile. Još dva puta manastir je rušen i obavljan. Drugi put srušili su ga Hrvati 1941. a 1969. godine oštetio ga je razorni zemljotres.
Monasi iz Krupe na Vrbasu su sagradili manastir Krupa u Dalmaciji.
U manastiru se čuvaju čestice moštiju Svete Matrone Moskovske, a veliku pažnju vernika privlače i srednjovekovni stećci koji se nalaze u južnom delu crkvene porte.