Đinđić je ubijen 12. marta 2003. godine na ulazu u zgradu Vlade Srbije. pre toga više puta je na njega pokušan atentat, a naročito je u sećanju onaj pokušaj ubistva premijera kod tadašnje hale "Limes", kada je pripadnik zemunskog klana Dejan Milenković Bagzi kamionom poprečio put koloni vozila u kojoj se nalazio Zoran Đinđić.
Patrijarh srpski Pavle i članovi Svetog arhijerejskog sinoda posetili su 12. marta uveče porodicu preminulog Đinđića i izjavili saučešće.
Mitropolit Amfilohije rekao je da 2003. godine njegova svetost patrijarh SPC Pavle nije hteo da prisustvuje Đinđićevoj sahrani.
- Među nama rečeno, patrijarh Pavle nije hteo da prisustvuje sahrani Đinđića - rekao je tom prilikom Amflohije u intervjuu podgoričkoj televiziji Atlas.
Mitropolit Amfilohije je na Đinđićevoj sahrani rekao da "ko potegne mač, od mača će stradati".