Stanovnici Moskve svakodnevno koriste metro, biti ispod zemlje je za njih sasvim običan događaj, ali postoji i druga strana metroa o kojoj se malo zna.
Inženjeri su osim projektovanja trasa po kojima će ići metro radili i na tajnim projektima. Tokom izgradnje druge linije metroa, otvorene 1937-1938. godine, postojao je projekat stanica "Sovjetska", koja je bila između stanica "Trg Sverdlova" ("Teatraljna") i "Majakovska".
Staljin je odlučio da se "Sovjetska" opremi za podzemni štab državne odbrane. Stanica nije ni otvorena, jer je razdaljina između stanica bila velika, tek 1979. godine, posle otvaranja stanice "Tverska", razdaljina između stanica je podeljena na dva dela.
Izgradnja tunela na Arbatsko-Pokrovskoj liniji je počela pre rata, to je bila veza između Kremlja i Staljinovih bunkera. Pretpostavljalo se da će biti sagrađen stadion, ispod koga će opremiti bunker za Staljina sa izlazom na tribine.
Sagrađena su dva tunela za automobile, jedan ka Kremlju i drugi ka stanici metro "Sakoljnjiki". Od stanice "Izmailovski park" takođe postoji put ka bunkeru. Sličan bunker od 37 kilometara je sagrađen i ispod Staljinove vikendice u Kuncevu.
Tokom bombardovanja Moskve u julu 1941. godine metro je korišćen kao sklonište. Stanjin je naredio da mu se napravi sklonište u Kuncevu na dubini od 15 metara.
Zbog veće sigurnosti plafoni su bili od gvožđa. Ulaz u bunker je neprimetan, obična vrata sa šifrom i stepenice. Staljin nije silazio stepenicama on se spuštao liftom. Lift je povezivao Staljinovu vikendicu sa bunkerom. Unutrašnjost bunkera je bila raskošna, zidovi su bili od mermera, parket, zidovi kancelarije od hrasta, a u sredini sto.
Od metro stanice "Trg revolucije" do "Kijevske" je 5. aprila 1953. godine puštena tajna trasa na velikoj dubini, koja je sagrađena za dve godine. Zatim je napravljen tunel od stanice "Kijevska" do "Parka pobede".
Prvi put je tajna metro linija otkrivena tek 1980-ih. Prva objava u medijima datira od 1992. godine u listu "Argumenti i fakti".
Tema "tajne" linije metroa je od 1992. godine bila razmatrana i u časopisu "Oganjok" koji joj je dao naziv "Metro-2".
Tajnu liniju "Metro-2" su u sovjetsko vreme nazivali D6. Ovoj temi su posvećeni mnogi tekstovi, koji su uticali na legende o metrou. Priče na ovu temu su prekinute 1993. godine. Ne postoje zvanično potvrđene informacije o prisustvu "Metroa-2" i nema tajnih šema metroa. Aretimi Lebedev je uspeo da prikupi nformacije i napravi približnu šemu "Metroa-2".
Počela je da se koristi 1967. godine sa dužinom od 27 kilometara. Njene stanice su bile: Kremlj - Biblioteka Leljina – Akademija FSB – Akademija Glavni štab – Ramenki (podzemni grad sa 15.000 stanovnika) – Solncevo – Aerodrom Vnukovo -2.
U knjizi "Moskovski metropoliten" iz 1954. godine se piše o petoj liniji metroa. Nejasna situacija je bila sa metro stanicom "Fruzenska", jer su se stanice "Fruzenska" i "Sportivna" nalazile gde je i planirano, ali podzemni deo nije bio izgrađen. Sada je tamo stanica "Varabjove gore".
"Univerzitet" je planirano da se izgradi pored glavne zgrade Moskovskog državnog univerziteta, ali je 1950. godine drugačije odlučeno. Tunel između metro stanice "Sportivna" i "Univerzitet" spaja tunel sa leve strane, koji ima veliku nizbrdicu i završava se vratima. Ova vrata se smatraju jedinim kojima se spaja moskovski metro i "Metro-2".
Tokom 2014. godine je pronađena i metro stanica "Troparevo" i u njenoj blizini ventilacioni šahtovi. Akademija Glavnog štaba je imala pet spratova, ali većina je ispod zemlje. Veruje se da su šahtovi zapravo služili za ulazak u "Metro-2". Postoje priče da su 1980.-ih tu liniju produžili do tadašnjeg vladinog aerodroma Vnukovo-2.
U Podmoskovlju u gradu Odincovo je 1987. godine sagranjen kompleks zgrada "Nove kuće" za radnike koji su gradili tajnu liniju metroa.
Počela je da se koristi 1987 godine, dužine od 60 kilometara sa stanicama: Kremlj, zatim dalje ide južno paralelno sa Varšavskim autoputem, do pansionata Bor, gde se nalazi rezervni punkt Glavnog štaba. Postoji i verzija, da je vladina linija metroa bila još duža. Pretpostavlja se da je baza izgradnje bila kod muzeja Caricino.
Koristila se od 1987. godine, dužine od 25 kilometara sa stanicama: Kremlj – Lubjanka – Mjasnicka, 33 (štab protivvazduhoplovne odbrane). Linija dalje ide autoputem Entuzijasta i preko Izmailovskog parka, moguće je da ima izlaz kod stanice "Krasnih varot".
Najzagonetnija je četvrta linija "Metroa-2". O njoj skoro da nema informacija. Najverovatnije počinje u rejonu metro stanice "Smolenska", preko "Parka pobede" i u bunker do Barvihe.
"Metro-2" je, navodno, kontrolisao KGB (pododeljenje 15, pod zemljom), a posle raspada SSSR-a kontroliše ga FSB. Čitav sistem linija metroa je dublji od "Parka pobede" (dubina ove stanice metroa je 80 metara). Ukupna dužina linija je 150 kilometara.
Osnovna funkcija mu je da se njime evakuišu predstavnici vlasti u slučaju atomskog napada. "Metro-2" se koristi za prevoz tereta i osoblja u mirnodopsko vreme.